Para el tratamiento de las 22.000 toneladas anuales de residuos biodegradables recogidas selectivamente en el conjunto del territorio, el PIGRUG proponía una única planta de compostaje, que estaría ubicada en el entorno de máxima generación, correspondiente al ámbito de la Mancomunidad de San Marcos. La decisión final relativa a dichas plantas (su número, ámbito de servicio, capacidad, ubicación, estaciones de transferencia, modelos de gestión, etc.) no había sido adoptada en la fecha de aprobación del PIGRUG, a la espera del análisis detallado de las economías de escala y su eventual compensación con los costes de transporte, los yacimientos de materia orgánica biodegradable, alternativas tecnológicas, etc. El PIGRUG es una propuesta de mínimos, abierta a la ampliación de sus objetivos en la medida en que, a lo largo de las fases de desarrollo e implantación del mismo, las propuestas de las instituciones y de los agentes sociales y económicos alcancen un consenso suficiente. Esto explica que, a lo largo de los años transcurridos desde la aprobación del PIGRUG, se haya evolucionado desde el sistema 4 y 1/2 hasta el denominado "sistema 5 personalizado" que ha sido incorporado al Programa de Compostaje de Gipuzkoa, constituyendo el núcleo y la seña de identidad del mismo. En definitiva, el Programa de Compostaje surge del desarrollo de las propuestas básicas del PIGRUG, a través de los cauces de participación establecidos (Comisión de Seguimiento, Mesa del Reciclaje, Taller de Debate, Jornadas, Conferencias, Congresos, etc.). Tras la definición del modelo, el Programa se ha completado con otras dos fases sucesivas:
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